序一序二序三总论伤寒热病总论验舌色论验口唇论验二便论辨脉论南北方宜发表不同论南北方宜清里相同论三阴经热病论三阴经寒病论阴症似阳论阳症似阴论宜发表论忌发表论宜清里论忌清里论宜和解论忌和解论宜吐法论忌吐法
养生类要
第1部分第2部分
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
序脉象大旨左右手配脏腑部位五脏平脉四时平脉呼吸沉浮定五脏脉三部所主诊脉之道脉阴阳类成妇人脉法小儿脉诊家宗法附录诸脉条辨持脉总论
龙木集序卷之一龙木总论一 审的歌发挥二 眼叙论三 三因证治四 五轮歌五 内障眼法根源歌六 针内障眼法歌七 针内障眼叙法歌八 小儿歌九 合药矜式十 煎药诀十一 服药须知十二 点眼药诀卷之一七十二证方论一
序上卷本症治法兼症治法变症治法疠疡类症本症治验类症治验中卷续治诸症下卷各症方药
普济本事方续集
序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十附录附录
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一