正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
叙卷上伤寒论难读并宜补大旨三阳三阴分经名义伤寒重病多是下焦伏寒伏寒触发与伤寒时温脉证并病机异同即病伏气直中传经四证异同晚发是伤寒正病两感有三水气凌心即是三焦伤伤寒杂病皆有之无端暴喘即是寒入命门伤寒杂病
卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
黄庭内景五藏六府图
针灸节要
简介卷一卷二卷三卷四卷五卷六跋
题辞卷之一天道部天地阴阳大论其气三论六节五制生五论正六气说为运为气五六说五运说司天说地上三阴三阳说天道或问五则天道六气中见论地理六节位下六承论辨君火以明兼退行一步不司气化论卷之一人道部人道大阴阳疏心肾
第一章 鼻部疾病第一节 外鼻畸形二、鞍鼻三、驼峰鼻第二节 先天性前、后鼻孔闭锁一、先天性后鼻孔闭锁二、先天性前鼻孔闭锁第三节 鼻及鼻窦外伤一、鼻骨骨折二、额窦骨折三、上颌窦骨折第四节 鼻前庭炎及鼻疖一
序一序二卷之上杂病门疟消渴喉痛肠痈肩痈咳嗽疮疡瘾疹疥癣酒鼻健忘痨瘵咳血肺痿痿怖赫曦（?）温病手心热发热饮酒发热香港脚梦遗淋小便不通泄泻膈噎伤食卷之下大风痛风疝内伤中风暑注夏暑风湿郁病火溺血痰饮肺胗杂合
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一