卷首集例先天图说天地人物气候相应说天地人物气候相应图释方历代医学姓氏三代以前，圣君贤相，创为医药，以济死生者也。秦汉以后，有通经博史，修身慎行，闻人巨儒，兼通乎医。医极其明者也。以医为业，世代相承者也
仁斋直指方论
产宝诸方
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水
简介序卷一·温热论·续医案卷二·公选良方内外科卷三·公选良方卷四·公选良方
序卷上脾胃虚实传变论脏气法时升降浮沉补泻图说脾胃胜衰论补脾胃泻阴火升阳汤肺之脾胃虚论升阳益胃汤君臣佐使法分经随病制方通气防风汤羌活胜湿汤用药宜禁论《内经》、仲景所说脾胃卷中气运衰旺图说饮食劳倦所伤始为
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
卷一中风肝风眩晕头风虚劳卷二咳嗽吐血失音肺痿卷三遗精淋浊阳痿汗脱脾胃木乘土肿胀卷四积聚痞噎膈反胃噫嗳呕吐吐蛔不食肠痹便闭肺痹胸痹哮喘呃疸卷五风寒风温温热暑湿燥疫痧疹瘰痰痰饮卷六郁肝火不寐卷六三消脾瘅疟
疔毒血痣骨槽风舌菌牙菌牙岩舌岩舌疳锁喉毒盘槽痈对口瘰失荣乳岩井疽蔽骨疽石疽疵疽附骨疽串臂漏肛漏肝痈附论肺痈漫心痈马刀肾俞发少腹痈缩脚痈流注肾岩脱囊伏兔痈眼胞痰瘤脾肚发肠覃胃脘痈舌根痈鹤膝风附论麻风论鸡