凡例《灵枢经》骨度尺寸头部胸腹部背部侧部四肢部器具总论第一则·金疮论治第二则·治伤法论第三则·跌打损伤内治证第四则·至险之证不治论第五则·从高坠下伤第六则·颠顶骨伤第七则·囟门骨伤第八则·鼻梁骨断第九
自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
黄庭内景五藏六府图
叙卷之上卷之下
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九
弁言序调经门总论精血论养血论调气论辨色论多少论先期后期论居经论泄泻论身痛论痛经论经漏论不利论过期论经闭论枯血论血劳论血崩论痰气污血论杀血心痛论带下论白浊白淫论虚劳门冷劳热劳骨蒸劳血风劳胎前门总论胎前调
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
初生沐浴噤风撮口脐风气闭啼伤风咳嗽疟吐吐泻霍乱积痢疳肿胀惊风惊风死症歌脉法慢惊慢脾风毒惊瘫鹤膝候痫腹痛虫心痛咽喉暑脱肛热黄胆淋症（附白尿）眼目赤肿痧疹
自序凡例卷一月经治月经病方卷二胎前治胎前病方秦氏世传逐月养胎方卷三小产治小产病方临产治临产病方附前人治临产效方卷四产后治产后病方卷五带下治滞下病方崩漏治崩漏病方附录前人治临产效方卷六妇女杂病治妇女杂病