一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
魏序林序自序卷一真中风症中风四言脉诀各症方药中风续论类中风症虚痨虚痨续论脉法方治虚痨不治证卷二咳嗽脉法采《圣济》五脏诸咳嗽痰饮喘促实喘方虚喘方脉息哮症惊悸脉息方药血症脉息喻嘉言龙雷之火论卷三遗精诊法赤
古今名医方论
序医治整理补接次第口诀又治伤损方论
卷第一（求端探本）凡一门求子方论卷第二（方书叙例）凡十三门叙初有小儿方第一叙小儿有病与大人不殊第二叙小儿方可酌量药品分两第三叙小儿有病宜早治第四叙调理小儿第五叙修合药第六叙用药第七叙小儿气弱不可容易吐
题辞卷之一天道部天地阴阳大论其气三论六节五制生五论正六气说为运为气五六说五运说司天说地上三阴三阳说天道或问五则天道六气中见论地理六节位下六承论辨君火以明兼退行一步不司气化论卷之一人道部人道大阴阳疏心肾
叶序陈序自序卷一脏腑经络先后病脉证第一卷二痉湿病脉证第二卷三百合狐惑阴阳毒病证治第三卷四疟病脉证并治第四卷四疟疾总论卷五中风历节病脉证治第五卷六血痹虚劳病脉证治第六卷七肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷八
自叙阳湖张琦序丹徒赵克宣序丹徒赵克宜序长沙徐树铭序湘潭欧阳兆熊序长沙黄济序完颜崇实序吴郡顾复初序江夏彭崧毓序吴县曹元恒序卷一·天人解阴阳变化五行生克脏腑生成气血原本精神化生形体结聚五官开窍五气分主五味
导言五菜药解韭菜葱薤（蒜苗）葵藿五谷药解粳米小麦大豆黍米(又称糯小米、黄米)芝麻(又名胡麻、脂麻)五果药解杏李桃栗枣五畜药解猪肉牛肉羊肉鸡肉狗肉
前言辅行诀脏腑用药法要一 辨肝脏病证文并方二 辨心脏病证文并方三 辨脾脏病证文并方四 辨肺脏病证候文并方五 辨肾脏病证文并方六 五脏泻方七 救五脏诸劳损病方八 二旦六神大小汤九 救五脏中恶卒死方附录